Η Ευρωπαϊκή Επιτροπή Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων εξέτασε το ζήτημα των αγνοουμένων στην Κύπρο μέσα από μια σειρά προσφυγών της Κυπριακής Δημοκρατίας κατά της Τουρκίας (Προσφυγές υπ’ αρ. 67801/74, 6950/75, 8007/77, 25781/94). Οι σχετικές εκθέσεις της Επιτροπής, που υιοθετήθηκαν το 1976, το 1983 και το 1999, ανέδειξαν τις σοβαρές παραβιάσεις της Ευρωπαϊκής Σύμβασης Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων από την Τουρκία, επισημαίνοντας τη διαχρονική αδιαφορία της για τη διερεύνηση της τύχης των αγνοουμένων.
Στην Τέταρτη Διακρατική Προσφυγή της Κύπρου κατά της Τουρκίας (Προσφυγή υπ’ αρ. 25781/94), το Ευρωπαϊκό Δικαστήριο Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων (ΕΔΑΔ) αποφάσισε στις 10 Μαΐου 2001 ότι οι τουρκικές αρχές απέτυχαν να διερευνήσουν ουσιαστικά τους ισχυρισμούς των συγγενών των αγνοουμένων ότι οι αγαπημένοι τους είχαν εξαφανιστεί υπό συνθήκες που δημιουργούσαν σοβαρές ανησυχίες για την ασφάλειά τους. Το Δικαστήριο τόνισε ότι η αποτυχία της Τουρκίας να διερευνήσει αποτελεσματικά και να διαφωτίσει την τύχη των Ελληνοκυπρίων αγνοουμένων συνιστούσε συνεχιζόμενη παραβίαση των διαδικαστικών υποχρεώσεών της βάσει του Άρθρου 2 της Σύμβασης, το οποίο προστατεύει το δικαίωμα στη ζωή. Επίσης, κατέληξε ότι η αποτυχία αυτή αποτελούσε παραβίαση του Άρθρου 5 της Σύμβασης, καθώς τα αγνοούμενα πρόσωπα είχαν κρατηθεί από τις τουρκικές αρχές κατά τον χρόνο της εξαφάνισής τους. Επιπλέον, το Δικαστήριο κατέληξε ότι η παρατεταμένη σιωπή των τουρκικών αρχών, ενόψει των πραγματικών ανησυχιών των συγγενών των αγνοουμένων, συνιστούσε απάνθρωπη μεταχείριση σύμφωνα με το Άρθρο 3 της Σύμβασης.
Παρά την απόφαση του ΕΔΑΔ, η Τουρκία δεν συμμορφώθηκε με τις υποχρεώσεις της, γεγονός που οδήγησε την Επιτροπή Υπουργών του Συμβουλίου της Ευρώπης να υιοθετήσει το μοναδικό μέχρι σήμερα σε διακρατική υπόθεση Ενδιάμεσο Ψήφισμα στις 7 Ιουνίου 2005. Το Ψήφισμα απαιτούσε από την Τουρκία να λάβει άμεσα και αποτελεσματικά μέτρα για την επίλυση του τραγικά άλυτου ανθρωπιστικού προβλήματος των αγνοουμένων, 30 χρόνια μετά την εισβολή.
Το Ενδιάμεσο Ψήφισμα τόνιζε την ανάγκη για εντατικοποίηση των προσπαθειών της Τουρκίας, με στόχο την πλήρη εκτέλεση της απόφασης του ΕΔΑΔ και την αποτελεσματική διερεύνηση της τύχης των αγνοουμένων. Υπογραμμίζοντας τη σημασία της επίτευξης συγκεκριμένων αποτελεσμάτων, η Επιτροπή Υπουργών αποφάσισε να παρακολουθεί στενά την πρόοδο της Τουρκίας, μέχρις ότου ληφθούν όλα τα αναγκαία μέτρα.
Σε αυτό το πλαίσιο, η Τουρκία συνεχίζει να παραπέμπει στη Διερευνητική Επιτροπή για τους Αγνοούμενους (ΔΕΑ) ως υποκατάστατο της διαδικασίας που είναι υποχρεωμένη να ακολουθήσει για τη συμμόρφωση με τις αποφάσεις του ΕΔΑΔ. Ωστόσο, τόσο η Επιτροπή όσο και το Δικαστήριο έχουν διαπιστώσει ότι οι διαδικασίες της ΔΕΑ, αν και χρήσιμες για τον ανθρωπιστικό σκοπό για τον οποίο δημιουργήθηκαν, δεν επαρκούν από μόνες τους για να ανταποκριθούν στις απαιτήσεις μιας αποτελεσματικής διερεύνησης.
Το Ενδιάμεσο Ψήφισμα της Επιτροπής Υπουργών υπενθυμίζει ότι οι διαδικαστικές υποχρεώσεις της Τουρκίας δεν μπορούν να εκπληρωθούν απλώς με τη συμβολή της στο έργο της ΔΕΑ. Η Τουρκία πρέπει να προχωρήσει στη λήψη συγκεκριμένων και ουσιαστικών μέτρων, ώστε η διερεύνηση της τύχης των αγνοουμένων να είναι αποτελεσματική και σύμφωνη με τα πρότυπα που απαιτούνται από τη Σύμβαση.
Η Επιτροπή Υπουργών του Συμβουλίου της Ευρώπης και άλλοι διεθνείς οργανισμοί συνεχίζουν να ασκούν πίεση στην Τουρκία για τη συμμόρφωση με τις αποφάσεις του ΕΔΑΔ, απαιτώντας την πλήρη διαλεύκανση της τύχης των αγνοουμένων και την απόδοση δικαιοσύνης στις οικογένειες που περιμένουν για δεκαετίες.