Την 1η Μαρτίου του 1959, γύρισε ο εξόριστος μέχρι τότε αρχιεπίσκοπος Μακάριος, μετά τις συμφωνίες, και έγινε δεκτός στο νησί με ενθουσιασμό. Αμνηστεύτηκαν ο αρχηγός της ΕΟΚΑ, Γεώργιος Γρίβας, και οι αγωνιστές του απελευθερωτικού αγώνα. Τα μέτρα έκτακτης ανάγκης στο νησί έπαψαν να ισχύουν. Η αμνήστευση, όμως, του Γεωργίου Γρίβα δεν του έδινε και το δικαίωμα να παραμείνει στην Κύπρο στο διάστημα που θα μεσολαβούσε μέχρι τη μεταβίβαση των εξουσιών στο νεοσύστατο κράτος.
Ο Μακάριος, μετά την επιστροφή του, άρχισε τις προετοιμασίες για την ανακήρυξη της ανεξαρτησίας και την οργάνωση της δημοκρατίας. Σχημάτισε, με την προεδρία του, μεταβατική κυβέρνηση, με τη συμμετοχή 7 Ελληνοκυπρίων και 3 Τουρκοκυπρίων υπουργών και επιτροπές στη Λευκωσία και στο Λονδίνο για να επιλύσουν τις διάφορες εκκρεμότητες (σύνταγμα, παραχώρηση στρατιωτικών βάσεων στους Άγγλους κ.λπ.). Οι επιτροπές σκόνταψαν στις συνεννοήσεις για την εξομάλυνση των διαφορών μεταξύ Ελληνοκυπρίων και Άγγλων από τη μια και Ελληνοκυπρίων και Τουρκοκυπρίων από την άλλη, και αυτό γιατί οι Τουρκοκύπριοι ήταν αμετάκλητοι στα προνόμια που είχαν εξασφαλίσει με τις ως τότε συμφωνίες. Μέσα σ' αυτό το κλίμα έγιναν οι εκλογές της 13ης Δεκεμβρίου για την ανάδειξη του πρώτου προέδρου της Κυπριακής Δημοκρατίας. Ο Μακάριος πήρε σ' αυτές το 66,3% των ψήφων και ο αντίπαλός του Ιωάννης Κληρίδης το 33,3%.
Στις 16 Ιανουαρίου 1960 έγινε στο Λονδίνο διάσκεψη των πέντε ενδιαφερομένων μερών για τη λύση του προβλήματος των βρετανικών στρατιωτικών βάσεων, αλλά χωρίς αποτέλεσμα. Στις 6 Ιουλίου 1960 οι συνομιλίες κατέληξαν στην υπογραφή συμφωνίας από τα πέντε ενδιαφερόμενα μέρη δηλαδή από εκπροσώπους της Ελλάδας, της Τουρκίας, της Βρετανίας και των Ελληνοκυπρίων και Τουρκοκυπρίων.
Στη συνέχεια προκηρύχτηκαν εκλογές για την ανάδειξη των μελών της Βουλής των Αντιπροσώπων για την 31η Ιουλίου του 1960 και των δυο Κοινοτικών Βουλών για την 7η Αυγούστου του ίδιου χρόνου. Στις 16 Αυγούστου ανακηρύχτηκε η ανεξαρτησία της Κύπρου επίσημα και αναχώρησε ο Άγγλος κυβερνήτης από το νησί.
Ο πρόεδρος της Δημοκρατίας αρχιεπίσκοπος Μακάριος πρότεινε, το Νοέμβριο του 1963, τροπολογίες, προκειμένου να βελτιωθεί η προβληματική κατάσταση που δημιουργούσε η εφαρμογή του. Σχέδιο των προτάσεων αυτών έδωσε τον αντιπρόεδρο Κιουτσούκ και ενημέρωσε τις εγγυήτριες δυνάμεις (Αγγλία, Ελλάδα και Τουρκία). Πριν ακόμα απαντήσει ο Κιουτσούκ, η Τουρκία απέρριψε χωρίς συζήτηση τις προτάσεις και απείλησε στρατιωτική επέμβαση στην Κύπρο. Η τουρκοκυπριακή ηγεσία, χωρίς να απαντήσει στο Μακάριο, υποκίνησε τους Τουρκοκυπρίους που κατέλαβαν τμήμα της Λευκωσίας. Ακολούθησαν τότε σκληρές μάχες για 6 μέρες, από τις 20 μέχρι τις 25 Δεκεμβρίου του 1963, στη βόρεια περιοχή της Λευκωσίας. Επειδή η κατάσταση απειλούσε γενικότερη ανάφλεξη, οι εγγυήτριες δυνάμεις ανέθεσαν στην Αγγλία την ενιαία αρχηγία των στρατιωτικών δυνάμεων που βρίσκονταν στην Κύπρο. Η τουρκοκυπριακή ηγεσία εγκατέστησε στη Λευκωσία αυτοδιοίκηση και αποσχίστηκε από το νόμιμο κράτος. Παράλληλα, μετακίνησε τον τουρκοκυπριακό πληθυσμό συγκεντρώνοντάς τον σε ορισμένα σημεία της Κύπρου.
Το Συμβούλιο Ασφαλείας του ΟΗΕ αποφάσισε να στείλει στην Κύπρο ειρηνευτική δύναμη και να ορίσει μεσολαβητή για να αναλάβει τη διευθέτηση του προβλήματος. Έτσι, ειρηνευτική δύναμη του ΟΗΕ έφτασε στην Κύπρο και αντικατέστησε τα βρετανικά στρατεύματα. Στο μεταξύ, η κατάσταση στην Κύπρο γινόταν όλο και πιο τεταμένη.
Νέες απειλές της Τουρκίας για επέμβαση στην Κύπρο προκάλεσαν τη λήψη ορισμένων μέτρων από την ελληνική πλευρά. Ακολούθησε νέα απειλή επέμβασης από την πλευρά της Τουρκίας, η οποία συγκέντρωσε στα νότια παράλιά της στρατιωτικές δυνάμεις, μεταγωγικά πλοία και αεροπλάνα. Η τουρκική αεροπορία βομβάρδισε ελληνοκυπριακά χωριά, τον Αύγουστο 1964, και προκάλεσε σοβαρές ζημιές και απώλειες στον άμαχο πληθυσμό τους. Παράλληλα, η Τουρκία και η Ελλάδα παρέταξαν δυνάμεις κατά μήκος του Έβρου. Η σύγκρουση προσωρινά αποφεύχθηκε, αλλά ο κίνδυνος παρέμεινε. Στο μεταξύ, γενικεύτηκε η μετακίνηση του τουρκοκυπριακού πληθυσμού της υπαίθρου και η εγκατάστασή του στο βόρειο τμήμα της Κύπρου με κέντρο την Κυρήνεια. Κατά μήκος της οροσειράς του Πενταδάκτυλου εγκαταστάθηκαν τουρκοκυπριακές στρατιωτικές δυνάμεις.
Η κατάσταση μεταξύ των δυο κοινοτήτων έφτασε σε νέα όξυνση και το Νοέμβριο του 1967 κατέληξε σε συγκρούσεις, που προκάλεσαν απειλές για ένοπλη σύρραξη μεταξύ Ελλάδας και Τουρκίας. Ύστερα από διάβημα της Τουρκίας, η κυβέρνηση της Αθήνας υποχώρησε και απέσυρε το εκστρατευτικό σώμα που η κυβέρνηση Γ. Παπανδρέου είχε αποστείλει μυστικά στην Κύπρο το 1964. Παράλληλα, αναχώρησε ο στρατηγός Γρίβας από την Κύπρο ύστερα από απαίτηση της Τουρκίας.
Στις προεδρικές εκλογές του 1968 επανεκλέχτηκε με μεγάλη πλειοψηφία ο Μακάριος. Σε δηλώσεις μετά την επανεκλογή του τόνισε ότι η Κύπρος θα έπρεπε να παραμείνει ανεξάρτητο κράτος.
Τον Οκτώβριο του 1968 δημιουργήθηκε ένταση στις σχέσεις της κυπριακής κυβέρνησης με την ελληνική. Αιτία ήταν η ανάμειξη του ονόματος του Κύπριου υπουργού Εσωτερικών και Άμυνας Πολύκαρπου Γεωρκάτζη στην απόπειρα δολοφονίας του Γ. Παπαδόπουλου. Ο Γεωρκάτζης αρνήθηκε την κατηγορία και υποστηρίχτηκε δημόσια από το Μακάριο. Το Νοέμβριο ο Γεωργκάτζης παραιτήθηκε.
Το φθινόπωρο του 1969 δημιουργήθηκε το "Εθνικό Μέτωπο", που διακήρυσσε ότι σκοποί του ήταν το διώξιμο των "μη ενωτικών" από την κυβέρνηση, η διακοπή των διαπραγματεύσεων με τους Τουρκοκυπρίους και η εφαρμογή ενωτικής πολιτικής. Η μετέπειτα όμως δράση του δεν ήταν παρά συστηματική τρομοκράτηση πολιτών, τοποθετήσεις βομβών και κλοπή οπλισμού, με αποκορύφωμα την επίθεση στον αστυνομικό σταθμό Λεμεσού και την κλοπή μεγάλων ποσοτήτων δυναμίτιδας από το μεταλλείο Μιτσερού.