Μετά την άλωση της Λευκωσίας οι Τούρκοι επικράτησαν γρήγορα σε όλο το νησί εκτός από την Αμμόχωστο, που παρέμενε το τελευταίο οχυρό των Βενετών. Στην Αμμόχωστο είχαν συγκεντρωθεί όλες οι βενετικές δυνάμεις του νησιού (περίπου 4.000 πεζοί) και 4.000 Έλληνες ελαφρά οπλισμένοι. Οι Τούρκοι άρχισαν συστηματικά την πολιορκία στις 17 Σεπτεμβρίου του 1570 με μεγάλες στρατιωτικές δυνάμεις. Η πολιορκία συνεχίστηκε για έναν περίπου χρόνο, με συνεχείς βομβαρδισμούς της πόλης και αποκλεισμό του λιμανιού της. Την 1η Αυγούστου 1571, αφού πια είχε λείψει κάθε ελπίδα, οι Βενετοί πρότειναν την παράδοση της πόλης με όρους, πράγμα που δέχτηκαν οι Τούρκοι. Οι Τούρκοι όμως δεν τήρησαν τη συνθήκη. Συνέλαβαν και εκτέλεσαν με φρικτά βασανιστήρια το διοικητή της πόλης Μαρκαντόνιο Μπραγκαντίνο και σκότωσαν 350 άντρες του που είχαν βγει από την πόλη για διαπραγματεύσεις. Στη συνέχεια άρχισαν τη λεηλασία της Αμμοχώστου και στις 9 Αυγούστου μπήκε στην πόλη ως θριαμβευτής ο επικεφαλής των τουρκικών στρατευμάτων Μουσταφά πασάς.
Μετά την κατάκτησή της από τους Τούρκους η Κύπρος οργανώθηκε με επικεφαλής πασά. Οι Τούρκοι κατάργησαν το τιμαριωτικό σύστημα και επίσης αποκατέστησαν την Ορθόδοξη Εκκλησία στην ηγετική της θέση. Ο κλήρος από δω και πέρα άρχισε να διαδραματίζει σημαντικό ρόλο στην Κύπρο και βοήθησε πολύ στη διάσωση του ελληνισμού με την ίδρυση ελληνικών σχολείων στην Κύπρο. Παρ' όλα αυτά όμως η σκληρή οικονομική εκμετάλλευση του νησιού από τους Τούρκους, οι σφαγές στη Λευκωσία και στην Αμμόχωστο και οι πιέσεις των Τούρκων για εξισλαμισμό προκάλεσαν μείωση του πληθυσμού. Όταν καταλήφτηκε η Κύπρος από τους Τούρκους το 16ο αιώνα, είχε 200. 000 κατ. και στα μέσα του 18ου αιώνα ο πληθυσμός έπεσε στις 100.000. Το 17ο και 18ο αιώνα οι Τούρκοι ανάγκασαν χιλιάδες Κυπρίους να αλλαξοπιστήσουν, πολλοί όμως απ' αυτούς που αλλαξοπίστησαν εξακολούθησαν να παραμένουν Χριστιανοί, τελώντας κρυφά τη χριστιανική λατρεία
Η Κύπρος συνέχισε και μετά την κατάληψή της να αποτελεί ένα από τα πιο σημαντικά οικονομικά κέντρα της Μεσογείου. Σ' αυτό συνέβαλαν ο πλούτος της και η θέση της στο δρόμο προς τις ανατολικές ακτές της Μεσογείου. Έτσι έγινε και κατά την τουρκοκρατία ένα από τα σπουδαιότερα εμπορικά κέντρα της Μεσογείου και στα λιμάνια της εγκαταστάθηκαν εμπορικά πρακτορεία όλων των ισχυρών κρατών.
Χαρακτηριστικό στοιχείο της τουρκικής διοίκησης της Κύπρου ήταν το αξίωμα του δραγουμάνου, που αποτελούσε το σύνδεσμο ανάμεσα στην κυπριακή Εκκλησία και στην Υψηλή Πύλη. Ο πιο αξιόλογος δραγουμάνος ήταν ο Κορνέσιος Χατζηγεωργάκης, που θεωρείται ευεργέτης της Κύπρου, επειδή έκανε πολλές δωρεές για φιλανθρωπικούς σκοπούς και για την ανάπτυξη της παιδείας.
Το 1810 εκλέχτηκε αρχιεπίσκοπος της Κύπρου ο Κυπριανός, που ήταν άνθρωπος με μεγάλη μόρφωση και ο οποίος διαδραμάτισε σπουδαίο ρόλο στην κυπριακή ιστορία. Ο Κυπριανός, μαζί με 70 άλλους ανώτερους κληρικούς, δολοφονήθηκε από τους Τούρκους τον Ιούλιο του 1821, σε μια προσπάθεια των Τούρκων να εμποδίσουν με αυτές τις ωμότητες τη συμμετοχή των Κυπρίων στην Επανάσταση του 1821.
Από το 1830 η Τουρκία ακολούθησε κάπως φιλελεύθερη πολιτική στη διακυβέρνηση της Κύπρου εφαρμόζοντας διάφορες διοικητικές μεταρρυθμίσεις, που έδιναν αρκετά δικαιώματα στους Κυπρίους. Το 1839 λειτούργησαν στην Κύπρο τρία ελληνικά σχολεία Μέσης και εφτά σχολεία Στοιχειώδους Εκπαίδευσης στις σπουδαιότερες πόλεις. Το 1856 έγιναν επίσης ορισμένες μεταρρυθμίσεις, που βελτίωσαν τη θέση των Κυπρίων.